تجربه زیست سیاسی در نظام‌های مبتنی بر تئوری تفکیک قوا طی قرون اخیر بیانگر پایه‌‌ای اخلاقی برای تفکیک قوا در نظام‌های سیاسی است؛ زیرا مفروض اصلی تفکیک قوا ممانعت از فساد قدرت مطلق است. نظام سیاسی پیشامدرن متمرکز و متکی بر فرد و اخلاق فردی بود؛ بنابراین به فساد و استبداد گرایید. اما تئوری تفکیک قوا در عمل ضرورت دارد به وجه خاصی از اخلاق به نام اخلاق ساختاری منتهی گردد. اخلاق ساختاری در سه بُعد مهم امنیت نهادی و آزادی نهادی و قانون نهادی هنجارسازی می‌‌کند و تعیین‌‌کننده رفتار سیاسی حکومت است. مقاله حاضر می‌‌کوشد به این پرسش پاسخ دهد که: «چگونه می‌‌توان به اتکای اخلاق ساختاری برآمده از تئوری تفکیک قوا، به فسادزدایی از نهادهای رسمی پرداخت؟». بنابراین پژوهش حاضر براساس چارچوب نظری نهادی و روش تحقیق تبیین علّی در پی ایضاح ابعاد اخلاق ساختاری نظریه تفکیک قوا و نقش آن در فسادزدایی از نهادهای رسمی است. روش گردآوری مطالب کتابخانه‌‌ای است و هدف اصلی تحقیق، تبیین چگونگی فسادزدایی از نهادهای رسمی با بهره‌‌گیری از پایه اخلاقی تئوری تفکیک قواست.