در رویه حاکم بر فرآیند صدور مجوز سقط جنین، سازمان پزشکی قانونی به مثابه متولی این امر شناخته شده است. با این وجود، قوانین و مقرراتی که در طول سالیان متمادی در خصوص وظیفه سازمان پزشکی قانونی در زمینه صدور مجوز سقط و نیز مرجعیت سازمان در این مسأله تصویب شده، از این حیث دچار ابهام است. ماده واحده سقط‌درمانی که از سال (1384) تا (1400) مبنای عمل سازمان پزشکی قانونی در صدور مجوز سقط بود، هم در زمینه چیستی وظیفه سازمان پزشکی قانونی دچار نارسایی اساسی بود و هم حتی مرجعیت این سازمان را در صدور مجوز سقط، آشکارا افاده نمی‌کرد. با تصویب قانون حمایت از خانواده و جوانی جمعیت در سال (1400) و نسخ ماده واحده سقط‌درمانی بر اساس ماده (73) این قانون، مقنن در ماده (56) قانون اخیرالذکر نیز نتوانست ابهام فوق را برطرف سازد بلکه به شکلی جدی‌تر مرجع صدور مجوز سقط را میان سازمان پزشکی قانونی و محاکم قضایی کشور مردّد واگذاشت که نیازمند اصلاح و بازبینی فوری است.